খালি পেটে কফি খাওয়ার অভ্যাসে পাকস্থলীতে হাইড্রোক্লোরিক এসিড তৈরি হয়। এই এসিড পেটে গ্যাস ও অ্যাসিডিটির সমস্যা তৈরি করে। অনেক সময় খালি পেটে কফি খাওয়ার অভ্যাস ডেকে নিয়ে আসতে পারে আলসারের সমস্যাকে।